◎會員不分等級，每廠指派會員代表一人參加會員大會。本會設理事21人組 成理事會，監事 7人組成監事會；理事會置常務理事 7人，再由常務理事中票選 1人為理事長，對外代表本會；監事會設常務監事 1人並兼任召集人。理監事由會員大會代表依法選舉產生，其任期為 3年。 

◎公會內部分設會務、業務、財務三組辦理會務工作。由總幹事承理事長之 命綜理日常會務，並指揮監督所屬會務工作人員承辦各項分派工作，目前 有會務工作人員 5人，均為專任職務。 

◎現有會員工廠44家，包括 2家生物製劑工廠，另有 5家農藥合成廠，其餘為加工廠。分佈地區以台中縣10家及桃園縣10家為最多，台南縣有 7 家，雲林縣有 6家，新竹縣有 5家，其他縣市為 6家。 

◎於理事會下設國際事務委員會、技術開發委員會、法規委員會、農藥安全推行委員會、大陸事務委員會、環境保護委員會等六個委員會，由各會員廠指派委員組成，並聘請專家擔任顧問，負責有關事宜之研議及推動。

委員會組織任務

國際事務委員會
一、 與國際間農藥、植物保護公會聯繫，舉辦及參與國際農藥會議。
二、 市場動向、拓展外銷及商情資訊掌握，強化合作關係。
三、 蒐集各國農藥輸出入、製造、販賣等法令規章供參考。
四、 協調農藥外銷貿易紛爭及供應事項。
五、 其他有關農藥貿易國際事務之調查研究事項。

大陸事務委員會

一、蒐集大陸學術研究機構的研發成果資訊。
二、大陸商情分析、拓展等合作事宜。
三、大陸農藥輸出入、製造、販賣等法規之研究。
四、與大陸農藥工業會事務之聯繫與交流。
五、其他有關大陸農藥事務等事項。 

法規委員會

一、協助與促進農藥登記事項。
二、國內外農藥法規資料之蒐集及提供。
三、農藥及相關法令之研究與建議。
四、溝通及建議政府輔導農藥工業發展。
五、其他有關事項。 

農藥安全推行委員會

一、訂定安全使用輔導計劃暨施行項目。
二、宣導、推行農藥安全使用之活動
三、配合政府農藥安全使用推動事項。
四、農藥容器安全使用、回收與處理之宣導。
五、國外農藥安全使用教育宣導資料蒐集與運用。
六、其他有關事項。 

技術開發委員會

一、彙整國內外學術研究機構的研發資訊。
二、善用政府資源辦理人才培訓。
三、品質管理之改進及自律。
四、智慧財產權的保護宣導與協調。
五、協助會員有效運用政府產學合作研發經費。
六、其他有關事項。

環境保護委員會

一、農藥容器費率事項協調與督促事項。
二、國內外環境保護法規資料之蒐集及提供事項。
三、環境保護法規及相關法令研討改進與建議修訂事項。
四、建議政府輔導農藥工業發展事項。
五、其他有關環保事項。